In Abhängigkeit der Lokalisation der zystischen Raumforderung innerhalb der Bauchspeicheldrüse stellen vor allem die Entfernung des Bauchspeicheldrüsenkopfes (Pankreaskopfresektion) oder des Bauchspeicheldrüsenschwanzes die Therapie der Wahl dar. In einigen wenigen Fällen zum Beispiel beim Vorliegen eines multizentrischen (mehrere verschiedene Teilbereiche der Bauchspeicheldrüse betreffenden) Tumors kann auch die totale Entfernung der Bauchspeicheldrüse als einzig verbleibende Therapieoption erforderlich sein.

Bei der klassischen pyloruserhaltenden Pankreaskopfresektion wird bei Vorliegen einer Raumforderung im Pankreaskopf der Pankreaskopf, das Duodenum (unter Erhalt des Magenpylorus) und der distale Gallengang inklusive der Gallenblase entfernt. Die Rekonstruktion des Gallenganges erfolgt über eine sog. Hepatikojejunostomie (Verbindung der Leber mit dem Dünndarm), das Restpankreas wird über eine Pankreatikogastrostomie (Verbindung der Bauchspeicheldrüse mit dem Magen) bzw. Pankreatikojejunostomie (Verbindung der Bauchspeicheldrüse mit dem Dünndarm) und der Magen über eine Gastrojejunostomie (Verbindung des Magens mit dem Dünndarm) rekonstruiert. Ziel der Operation ist neben der kurativen Therapie ein vollständiger Erhalt der endokrinen und exokrinen Bauchspeicheldrüsenfunktion.

Bei Tumorerkrankungen der Bauchspeicheldrüse, welche im Bereich des Bauchspeicheldrüsenkörpers bzw. Bauchspeicheldrüsenschwanzes lokalisiert sind, kann eine Bauchspeicheldrüsenschwanzresektion (sog. Pankreaslinksresektion) angezeigt sein. Bei der Pankreaslinksresektion wird der Pankreasschwanz mit den peripankreatischen Lymphknoten und abhängig von der Grunderkrankung ggfs. auch die Milz entfernt. Je nach Ausmaß des Tumors und den daraus resultierenden Resektionsgrenzen muss die Resektion bis an den Pankreaskopf heran ausgeweitet, d.h. eine sog. subtotale, linksseitige Pankreatektomie durchgeführt werden. Der Pankreasstumpf wird in der Regel blind verschlossen.

In seltenen Fällen besteht die Indikation für eine komplette  Bauchspeicheldrüsenentfernung (totale Pankreatektomie). Dies kann beispielsweise dann indiziert sein, wenn eine Manifestation einer IPMN mehrere Teilbereiche der Bauchspeicheldrüse betrifft.